תיכון בויאר מציע תכנית לימודים מגוונת המאפשרת לימודים עיונים ומדעיים ושילוב ביניהם ברמה גבוהה.
מדעים מדויקים: מתמטיקה, פיסיקה, כימיה, ביולוגיה, מדעי המחשב והנדסת תוכנה.
שפות: אנגלית, ערבית ותרבות האסלאם.
מדעי הרוח: ספרות, מחשבת ישראל, היסטוריה - לימודי סין ואמריקה, גיאוגרפיה סייבר, תנ"ך, משפטים (מגמה על אזורית).
אומנויות: מוסיקה, קולנוע, תיאטרון ואמנות חזותית.
בחטיבת הביניים לצד לימודי הליבה, זוכים התלמידים להעשרה בערבית, באזרחות, בפיזיקה, במחשבת ישראל ובמדעי ההתנהגות.
כמו כן, מתקיימים לימודי בחירה בתחומי ההעשרה הבאים: תיאטרון, אומנות, מוסיקה, קולנוע, יוגה, חוגי ספורט, בית מדרש ולימודי מייקרים.
כחלק מתפיסה חינוכית השואפת ליצור בוגר שהוא איש אשכולות ובעל ידע עולם נרחב, מציע בית הספר מגוון גדול של מקצועות מורחבים בהיקף 5 יח"ל, ומחייב את התלמידים לבחור שניים, ולסיים את לימודיהם עם שני מקצועות מורחבים בהיקף 5 יח"ל.
המקצועות המורחבים נפרסים על קשת רחבה של תחומי דעת – ממדעים מדויקים, דרך מדעי החברה והרוח, ועד תחומי האמנות.